linuxマシンでpythonスクリプトをどこからでも実行したい.
複数の.seqファイルからblastのデータベース用に.fastaファイルを作るPythonスクリプトを以前作った.
今まではこのスクリプトを,まとめたい.seqファイルがあるディレクトリにいちいちコピーして実行するという,大変頭の悪い方法で使用していた.
ちょっと調べればスクリプトをどこからでも実行できそうだとわかったので,やってみた
参考にしたwebは以下の通り.
http://motw.mods.jp/Python/executable.html
http://pocketstudio.jp/linux/?%A5%D1%A5%B9%28PATH%29%A4%CE%B3%CE%C7%A7%A4%C8%C0%DF%C4%EA%CA%FD%CB%A1%A4%CF%A1%A9
http://oxynotes.com/?p=5418
正直参考Webだけまとめておけば詳細を書かなくてもいい気もするけど,当環境での方法を書いておく.
・スクリプトファイルの一行目に以下の命令を追加しておく.
1 |
#!/usr/bin/env python |
・スクリプトファイルには実行権限をつけておく.
1 |
$chmod u+x makefastax.py |
・PATHを通す.
スクリプトが置かれているディレクトリにPATHを指定しておく.
または,PATHが通っているディレクトリにスクリプトをコピーする.
PATHの通し方は参考Webの2つ目に詳細.
環境変数については,起動時にリセットされないように,/etc/profile の中身を変えるという方法が良い.
間違いがあったらまた直す
正直,このくらいの処理ならpythonで書かなくてもシェルスクリプトで書けると思うんだけど,pythonが使いたかっただけ.